Tra il 1244 e il 1276, l’abate Enrico ristrutturò il Sacro Speco, come si legge nel Chronicon, trasformandone completamente l’aspetto.
A questo periodo risale la creazione del vasto piano della Chiesa Inferiore, un ampio spazio rettangolare, diviso in tre vani, coperti da volte a crociera, uno rettangolare e due quadrati.
Alterò profondamente l’interno dello Speco l’inserimento della pianta “ad quadratum”, bernardina, che i Cistercensi, in quel tempo, andavano diffondendo in Europa e presente nel Lazio a Fossanova e a Casamari. L’accesso alla Chiesa Inferiore avviene oggi dal transetto della Chiesa Superiore tramite una scala, a sinistra della quale (sulla parete settentrionale) sta un affresco di matrice bizantina, che raffigura il testo della bolla del 4 Luglio 1202, con la quale il papa Innocenzo III concedeva speciali favori ai monaci residenti nello Speco.
Nell’affresco tale testo è sorretto a destra dallo stesso Innocenzo III e, a sinistra, da San Benedetto, che è seduto, e che, inginocchio davanti a lui, ha l’abate Romano. Sia Innocenzo III che l’abate Romano hanno l’aureola quadrata, ad indicare che erano ancora in vita nel momento in cui fu fatto il dipinto e poiché morirono entrambi nel 1216, tale fatto è significativo per le opere di ristrutturazione che lo Speco subì in quegli anni.
Successivamente il Conxolus affrescò, sopra il testo della bolla, un altro Innocenzo III, con piviale rosso, pallio e tiara ad una sola corona e ricoprì l’affresco con una pittura, ancora conservata, che raffigura San Benedetto.
Di questo artista non si sa molto: probabilmente era romano e a lui, e ai suoi Aiuti si attribuisce la maggior parte degli affreschi della Chiesa Inferiore, nei quali, come disse F. Hermanin, è evidente che “guardò la vita e la prese direttamente a modello”. Nell’absidina, vicino al bellissimo affresco della “Madonna con Bambino tra due Angeli”, su fondo azzurro, ci ha lasciato il suo nome; si legge, infatti: “Magister Conxolus pinxit hoc opus”.
L’immagine, stesa sulla superficie concava, produce effetti ottici notevoli, perché sembra che si muova con colui che la guarda. Tale fenomeno, dai critici non sempre giudicato positivamente, risulta, invece, nuovo ed estroso, anche perché le eventuali tecniche correttive non avrebbero risolto dalla radice il problema. L’ispirazione dell’artista è di origine bizantina, poiché il trono suggerisce la descrizione della Madonna come Madre della Chiesa, ma l’opera nella sua realizzazione è cosmatesca e tardo duecentesca, avvicinabile alla raffigurazione dei troni di Cimabue. L’ovale del viso, la diversa grandezza degli occhi, il naso diritto, la piccola bocca, il collo cilindrico mostrano nell’insieme dolcezza e serenità, svelate dal movimento della mano, che nel Bambino, sereno e greve, indica la loro ultima origine.