La Seconda Campata della Chiesa Inferiore si trova allo stesso livello della Prima Campata e ad un livello più basso rispetto alla Terza Campata, poiché segue il digradare della roccia.
A sinistra, vicino all’ingresso che porta alla Grotta della Preghiera, vi è un affresco che rappresenta “Cristo benedicente tra Angeli”.
Nella parete a destra della scala è dipinto “Il funerale di San Benedetto”, dove è evidente il rapporto del Conxolus e dei suoi Collaboratori più stretti con altri autori coevi, quali Pietro Cavallini e il primo Giotto.
Nella stessa parete sono affrescati i santi “Stefano, Tommaso e Nicola”. Nella volta sono dipinti papi, vescovi e monaci santi, San Benedetto, San Gregorio, San Silvestro, San Lorenzo e altri santi dell’Ordine.